Due prove:
1. salvatevi i bookmarks e poi provate a eliminare la directory con i settaggi di firefox, in modo da ripartire da zero, caso mai si fosse incasinato qualcosa
mv ~/.mozilla ~/mozilla-old
2. se non cambia nulla provate a rimuovere il pacchetto di flash e installatelo a mano
scaricate il tar.gz da
http://get.adobe.com/flashplayer/estraetelo in ~/.mozilla/plugins (se non c'e' createla)
mkdir -p ~/.mozilla/plugins
cd ~/.mozilla/plugins
tar xvf file_scaricato_dal_sito_della_adobe
il buono dell'installazione manuale e' che e' facile testare diverse versioni di flash (si trovano in rete anche le vecchie) e vedere se il problema che avete e' legato all'ultimissima o se accade comunque.