la palla medica leggera (quale avete, la 3 kg, la 5kg?) secondo me va bene. Eviterei in effetti sandbag o sledge.
Nell'atletica si lavora da sempre, a quelle età, a carico naturale. Sul corpo libero così su due piedi non mi vengono in mente controindicazioni, salvo quelle legate a posizioni che portino un sovraccarico eccessivo (è a corpo libero anche una trazione alla sbarra, ma il sovraccarico alla parte superiore del corpo è notevole).
Attenzione a tutto ciò che può comportare stress tendineo, e soprattutto vacci molto cauto se fai qualcosa di pliometrico (per esempio puoi farli lavorare sui balzi e i salti vari, ma limita le escursioni, nel senso di non farli cadere da 1 metro di altezza per fare un pliometrico con i salti).
Tieni conto che un ragazzo tra i 12 e i 14 potrebbe aver già terminato la fase di sviluppo come no, per cui considerali ancora nella fase di passaggio (che è delicata).