Dorje che ti devo dire ..... da noi un botto di programmi sono "solo" per win 
Appunto! Da far subito partire una denuncia!
...dipende dalle motivazioni: se quel software è esplicitamente richiesto dalla ditta/laboratorio per cui si fa la tesi, o se è considerato uno standard del settore, o se non c'è un'altra soluzione adeguata non si può protestare. Per limitazioni all'uso di software generici, ma non ho mai sentito di casi, invece si deve protestare.
non so se ora le cose siano cambiate, ma è stato proprio all'università (Padova) che ho scoperto Linux (quando ancora servivano un paio di lauree e la conoscenza perfetta di tutto il sistema solo per installarlo...), e il suo uso era sempre incoraggiato.
In ogni caso confermo che con virtualbox o simili risolvi tranquillamente il problema... basta che hai poi un windows da installare (se cerchi trovi anche sistemi già pronti da scaricare).